| Назва структурних підрозділів | Керівники підрозділів |
| АДМІНІСТРАЦІЯ ІНСТИТУТУ |
| Директор | Шкробанець Ігор Дмитрович (в.о.) д. мед.н., проф. |
| Заступник директора з наукової роботи | Турос Олена Ігорівна д.мед.н., проф. |
| Заступник директора з науково-практичної роботи | Полька Надія Степанівна чл.-кор.НАМНУ, д.мед.н., проф. |
| Заступник директора з загальних питань | Поспєлов Анатолій Васильович |
| Радник при дирекції науково-дослідної установи | Маркевич Геннадій Йосипович |
| Учений секретар | Станкевич Тетяна Валеріївна к. мед.н., старший дослідник |
| Головний бухгалтер | Зінченко Галина Григорівна |
| АПАРАТ УПРАВЛІННЯ |
| Відділ бухгалтерського обліку та економічного аналізу | Зінченко Галина Григорівна |
| Відділ кадрів | Сидоренко Ольга Анатоліївна |
| Канцелярія | Джанжулова Інесса Сергіївна +380 (44) 513-15-28 5131528@ukr.net |
| НАУКОВО–ДОСЛІДНІ ПІДРОЗДІЛИ |
| Науково-координаційний відділ | Рудницька Ольга Петрівна к.мед.н. |
| Відділ супроводу державних програм і міжнародних зв’язків | Коблянська Алла Володимирівна к.мед.н. |
| Відділ освітньо-наукової діяльності | |
| Лабораторія епідеміології НІЗ та медичної інформатики | Антомонов Михайло Юрійович д.біол.н., проф. |
| Лабораторія соціальних детермінант здоров’я населення | Гозак Світлана Вікторівна д.мед.н., с.н.с. |
| Лабораторія гігієни харчування та безпечності харчової продукції | Гуліч Марія Павлівна д.мед.н., проф. |
| Лабораторія безпеки життєдіяльності дитячого населення | Платонова Аліна Георгіївна д.мед.н., с.н.с. |
| Лабораторія якості повітря | |
| Лабораторія безпеки поверхневих вод | Зоріна Олеся Вікторівна д.біол.н., с.н.с. |
| Лабораторія гігієни природних, питних вод | Прокопов В’ячеслав Олександрович д.мед.н., проф. |
| Лабораторія гігієни ґрунту та відходів | Станкевич Валерій Васильович д.мед.н., с.н.с. |
| Лабораторія гігієни планування та забудови населених місць | Махнюк Валентина Михайлівна д.мед.н., проф. |
| Лабораторія гігієни канцерогенних факторів та наноматеріалів | |
| Лабораторія безпеки фізичних факторів | Думанський Вадим Юрійович д.мед.н., с.н.с. |
| Лабораторія радіаційного моніторингу | Бузинний Михайло Георгійович д.біол.н., с.н.с. |
| Лабораторія радіаційного захисту | Павленко Тетяна Олександрівна д.біол.н., проф. |
| Лабораторія безпекових стратегій | Скалецький Юрій Миколайович д.мед.н., проф. |
| Лабораторія контролю якості і безпеки продукції | Останіна Наталія Вадимівна к.екон.н. |
| Лабораторія санітарної мікробіології та дезінфектології | Сурмашева Олена Василівна д.мед.н., проф. |
| Лабораторія біоцидів і токсикології | Гаркавий Сергій Сергійович к.мед.н., доцент |
| Науково-технічна бібліотека | Федоришина Олена Михайлівна |
| ДОПОМІЖНИЙ ПІДРОЗДІЛ |
| Віварій | Прусова Людмила Іванівна +380 (44) 292-06-32 |
| ГОСПОДАРСЬКИЙ ПІДРОЗДІЛ |
| Відділ матеріально-технічного постачання | +380 (44) 292-14-34 |
| Технічний відділ | Сироватський Юрій Олександрович +380 (44) 513-71-33 |
| Господарський відділ | Коваль Сергій Анатолійович +380 (44) 292-13-54 |